计明末全中国每年总收入为3700万两白银，其中田赋收入在并入许多杂项税目后，总计约银2100万两；役银1000多万两；盐课价值200万两，杂色项目400万两。向长途贩运的大商人和海商主要征收钞关税和番舶抽分（列入杂色项目之内），分别为34万两和7万两，两项总和仅占全国总收入的1。1％左右，约为帝国来自土地收入的1/90！
黄仁宇在《十六世纪明代中国之财政税收》中说：
虽然许多学者批评明朝税收过重，但是他们主要是从道德层面进行批评。他们主要关心的是揭露征收者的贪婪和民众的艰辛，而不是去探讨税收制度本身所固有的问题。他们的描述给人们造成这样的印象，那就是主要的问题都是税收过重造成的，而实际上这些困难的产生更可能是税收过低造成的。应该指出，杂色岁入的378万两白银（商业税——引者注）如果按照16世纪晚期1亿5千万人口平摊，则平均每人只有17文铜钱。
在帝国早期，有400多个税课司局，但到了17世纪早期仅存112个。其余的因无利可图而被关闭。1568年，户部报告某个税课司巡拦每年俸粮工食费不下400余两，而其征收折钞银仅为110两。
税务部门所征收的银子竟不够收税人员伙食用。同政府的税收相比，明代商人的收入则“高”到了令人咋舌的地步。宋应星记载：“万历盛时，（盐商）资本在广凌不啻三千万两，每年子息可生九百万两，只以百万输帑。”
“1542年，根据官方的报告，在四川课税的茶叶数量超过500万斤，还不包括政府茶园生产的茶叶。然而在1578年，省级官员征收的茶叶收入总共还不超过2万两……16世纪中期，四川巡抚也承认广泛存在私贩茶叶现象。
其他省份的茶课名存实亡。绝大部分地区仍然沿用宝钞来评估地方税额，当16世纪折成白银时，税额减少到了可笑的地步：云南17两，浙江（产茶大省——引者注）约为6两。当时的一位学者对此作了如下的概述：‘内地茶户不知官茶、私茶之说久矣。天下之言生财者，亦罔闻知’。”
正税如此之低，而偷税漏税现象也是相当普遍。当时明朝税收比同期欧洲低得多。崇祯时期的西方传教士曾德昭记载：
“在海关……有更多的方便。没有堆放、过磅和检查货物的房间，也不需从船上取出货物，只察看一下并根据商人的簿册，征收一笔适当的税。若旅客不是商人，即使他一人带着奴仆，载运五、六口箱子以及许多其他物品，他从一地赴另一地时，一般都把东西留在船上，并不打开检查，更不付税。这对欧洲的海关和税务所是一个好榜样，欧洲的穷旅客遭到凶狠野蛮的劫掠搜夺，随身携带的所有东西还抵不上向他索取的税。”
而郑芝龙集团“凡海舶不得郑氏令旗，不能来往，每舶例入二千金，岁入以千万计，以此富敌国”。郑氏家族其他成员富可敌国，如户官郑泰“守金门，资以百万计”“富至千万”“少者百万” 。无论和同期的西方还是日本比，明朝时的赋税尤其是崇祯时期和所谓横征暴敛没有半点关系。
明代后期有所谓的“三饷”加派，可以算是封建社会晚期最臭名昭著的田赋加收了，但心平气和地分析，三饷所加，不过每亩“九厘”银，按明末的粮价折算，尚不足十斤稻谷，这在明末的亩产量中所占的比例微乎其微，但是无论是明人、清人、或是今人，好象都认为明代的灭亡，三饷加派是一个重要的原因。而当国家发生战争时，适量的增加赋税并非全无道理。
2。低税收的原因和后果
有人分析明朝低税收原因时认为：这是朱元璋的个人的原因及重农、保守的儒家观念，即意识形态的问题。实际上这种分析是没有多大道理的，首先过分夸大了朱元璋个人在明朝几百年历史中的作用；其次又无视明朝中后期工商业的巨大发展这一基本事实。
“如果一个中国的朝代，对工商业征收的赋税很重，政府对私人经济的发展控制的很严密，干预的很厉害，这会被作为中国重农抑商的证据而提出来，说是政府的严厉管制，政府施加的沉重税收严重抑制了工商业顺利发展（尽管公认的事实，一直在明灭以前，中国始终是世界上工商业最发达的国家）；如果一个朝代（比如明朝）对工商业征收的税收很轻，轻到甚至可以忽略的地步，政府对私人经济的发展基本上无力控制无力干预，那么这同样可以被作为中国传统重农抑商的证据而提出来，说是政府既然主要从农业中征收赋税，这表明国家对商业根本不重视，根本轻视，政府对私人工商业不加以管理控制，则说明政府不扶持工商业的发展，这是反商业思想导致的结果。
相反的事实支持相同的结论，尽管这看起来很荒谬，但却是中国历史研究中长期存在的一种最真实的现象。”
明朝的税收数量基本上是在建国初期就确定，以后基本不变，或者逐渐减少。
1393年，田赋收入达到3227万8900石，洪武皇帝对此很满意，宣布北方各省新垦田地永不起科。自此各地定额税收作为不成文的法律固定下来，后来也偶尔进行过小的调整，但基本定额从来没有被摈弃。
有些县份的税额很低，粗粗一看，似乎必须提高税额，至少这样的县份再也不应该有税粮的积欠。但实际情形是，由于原来税额低，不少农民已升为地主，而这些小地主，多系自耕农或半自耕农，仍去饥饿线不远，他们的生活与农村富裕的地主和居住在城市的地主当然不可同日而语。这也就是说，低税的实惠，早已为当地人视作当然，成为生活中不可缺少的因素，欠税欠粮的事情，不能因全县税低而遏止。
有些县份的税粮比较高，这就更不可能如数进入仓库。在一般情况下，收税达到一定的税额，例如某县已征收了税额的60％，则再催征其余的40％极端困难。即使富裕的地主也会仿效贫穷的自耕农拒不纳粮。他们根据多年经验，知道一个县官无法长期和成百成千以拖拉方式拒不纳粮的户主抗衡。旧税未清常常是新税之累，所以官方只好用种种名义把未收的部分减免，其后果就等于鼓励拖欠而拒不纳税。县官对欠税的户主没有别的办法，只能拘押一些人在官衙前拷打，以为其他欠税者戒。然而这些欠税人也另有对付的办法，他们可以贿赂衙役，雇佣一批乞丐代他们挨打，称为“倩人代杖”。南直隶苏州府向称鱼米之乡，就是这样一个典型的地区。申时行生长于苏州吴县，对这些情况已司空见惯。张居正自然也深知此中积弊，所以他给别人的一封信说苏州以赖粮著名，“其乡人最无赖”，此地可称“鬼国”。
政府试图增税时的阻力来自两个方面，分别是代表商人利益的文官集团对皇帝施加的压力和基层特别是商人阶层的抵抗阻挠。对于明朝的低税收所造成的后果，黄仁宇在《十六世纪明代中国之财政税收》中有过论述：
“深受儒家思想影响的官员们普遍认为低税收必然对纳税人有好处，其实这种看法是错误的。明代的例子就显示出情况并非总是如此。税收收入的不足意味着若政府不能最充分地管理帝国的资源，这样实际上会纳税人不利。16世纪资金不足导致了许多政府职能的丧失。其中表现最显著的方面是金属货币和户口食盐钞制度，这给人民带来很大的灾难。
由于正常的税收收入不能弥补支出，必要项目开支就要通过其他方式来解决。这些私下的派征缺乏有效的审核，容易造成资金的浪费。
预算不足的另外一个后果就是明朝官员十分猖獗的腐败行为。很明显，许多部门的管理费用甚至连最低水平的开支都不能保证，政府官员的俸禄水平荒谬可笑。”
要使农民永久地享受低税的好处，这些措施是非常必要的。然而，不消多说，任何措施也没有采取。……到15世纪，情况已经开始恶化。稳定健全的货币体系一直没有建议起来，军队的自给成为神话。人口普查和定期的财产登记严重失实，大片官田的消失就很说明这个问题。作为政府，从一开始就没有在农村建立起一套有效机制，此后更是失去了对农村的控制。
当时绝大多数的学者都从未认识到正是官定税率的低下造成了民众税收负担的不断上升，能够认识到低税政策危害的人寥寥无几。
对明朝经济来说，低税收促进经济重心不断向工商业偏移，劳动力不断从农业向工商业转移。而低税收对政府及国家的影响为三个方面：首先是政府机构精简。为了缩减政府开支，明代的官员数量始终维持在相当少的水平上。
明代的文官很少，1371年地方官员总数仅有5488名。1455年，京师在任的文官有1520名。即使在16世纪早期，各个部门规模已经很明显地扩大了，但整个帝国文官也仅有20400名。吏员总数虽然达51000名，但既包括供职于文职衙门的吏，又包括供职于军队的吏。行政机构的规模虽然不很庞大，但国家却不能为其提供适当的俸给。
其次是严重的财政困难。明朝政府过低的赋税，使得国家稍微遇到自然灾害或者大的军事行动就陷入困境。甚至皇宫的财政开支亦受牵掣。这就是万历时期和崇祯时期几次增加赋税的背景，以及所谓万历贪财原因。而从现有各种史料记载来看，李自成进占北京后掠得的数千万两金银是从大量富商、勋戚、官僚、宦官处严刑逼勒而来。
“中央政府的财政经不起些微的变故，很快出现入不敷出的困境。”“国家财政用于社会公益的开支并不突出，而一遇到一些局部战争，国家财政的危机马上显现出来。这种捉襟见肘的财政困境，是与一个人口众多土地辽阔的中央集权制国家极不相衬的。”
关于矿税的起因，林枫叙述道：
万历二十七年（1599年），明神宗自称“今典相维，工作浩繁，费用不敷，若不权宜指办，安忍加派小民？”经费无着，不得已而行矿税，故又“屡下明诏，待三殿工成，奏请停止”。……明末袁中道云：“万历中，两宫三殿皆灾，九边供亿不给，外帑空虚。天子忧匮乏，言利者以矿税启之，乃以侍充矿税使，分道四出。”财政困难，御用缺乏，使明神宗派出矿监税使。
“（崇祯时）‘吾尝司计，请发内帑，上令近前密谕曰，内库无有矣，遂堕泪。’” “予监督节慎库时，为甲申三月十五日，与主事缪沅交盘，库中止银二千三百余两，又钱作八百，国家之贫至此，可发一笑。”
在另一方面，“美洲白银的流入彻底击垮了以宝钞为基础的国家信用货币体系，而货币白银化又降低了国家对财政和金融的主控权。自嘉靖后期，国家财政开始陷入危机②。在宝钞制度名存实亡和盐引制度被废除后，明政府事实上已经没有能力发行公债或信用货币来解决财政赤字。” 最后则是最致命的后果：由财政危机导致的军事危机。精简的机构和困难的财政使政府对社会的控制无力，并引发一系列危机。
由于“17世纪中叶的气候异常，导致农作物减少变成了一场大灾难，发生饥荒、瘟疫和政治与社会的动荡不安。” 明政府却无钱赈灾。“在16世纪，包括中央政府和各省当局都不能保证军队供应，甚至战船也是租借而来的。” 财政困难也使军队得不到足够的给养，甚至陷入衣食无着、饥寒交迫的悲剧情形，以致于在李自成逼近北京时，“调吴三桂勤王之议，终于因为经费没有着落而暂时作罢。” 因此明末民变和兵变此起彼伏。
顾诚在《明末农民战争史》一书中探讨明末农民战争起点时间的问题上，就指出明末农民战争的起点很大程度上并非习惯认为的1627发生在澄城县的农民起义。明末崇祯年间北方的大叛乱，发端是饥兵，其后才是饥民的不断加入。而此后由朝廷拖欠军饷导致兵变的记载几乎不绝于书。甚至处于要害位置的重点精锐部队的军饷也无法保证。这其中包括了对后金作战最前线的辽东宁远军，崇祯时期明朝最先进的在登州训练的精锐火器部队。
驻宁远的士兵因四个月无饷而哗变，后来通过向商人借了五万两银子才勉强化解危机，巡抚毕自肃则因此事件而自杀。而登州兵变对明朝的打击则是极为沉重。
在崇祯帝、徐光启、温体仁等朝中大臣的支持下，孙元化在登州着手训练的使用先进发技术和武器武装的新军。明朝政府投入大量人力物力，不仅给这支部队配备了大量最先进的火炮、火枪，还从澳门聘请几十个葡萄牙炮兵教师，中国本土的大量技术专家也云集于此。但就是这样一支明政府重点训练培养的部队也还是因为军饷不足和而发生哗变，最后携带大批明朝最先进的火炮装备包括数十门红夷大炮以及上万士兵投降了后金。