此攻讦，致使晚明政府瘫痪。满清入主中国以后，有些学者因此舍理学而就语文学，也有转治数学天文的。最主要的学风仍是考证之学，包括以训诂、校勘、辨伪、笺释等方法整理研究古书。其成果之一是发现古典经书确实有伪造的，从此古书也不再是神圣不可侵犯的了。
堪为这种新学术风气纪念的，是一八二九年收集成的一套一百八十部著作，为七十五位十七、八世纪学者的作品，其中一半的人是进士及第的。讽刺的是，这项学术成果是著名藏书家阮元领导纂辑的。他也是广东巡抚，也是主管欧洲贸易的大臣。
当然，阮元这套大书的作者确实有不少是商贾家庭子弟。以扬州盐商为例，其近乎传奇的富豪多金使他们有能力兴办学堂书院以培养人才。清室的重大编书计划都由大臣主持，广征天下学者参与工作，如《明史》和清朝地理志索引等，都是其重要成果。总计朝廷的编修计划超过一百五十件。从这些学术工程中产生了一种观念：治考证之学也是一种职业，是做官以外的一种事业。
助长这种考证研究的书院与藏书馆，在江南各省最盛。皇帝起初态度很冷淡，到一七三三年，才开设了国子监，以教导科举生员学业。一七五〇年以后，有些许自主权的官学开始自行赞助研究考证等学术活动。以汉代“今文”为奉的“汉学”考证，显示清代学界人士的学识有多么广博，治学态度是多么积极。他们校证古籍的成果又导引他们走向文字学、声韵学的探讨，进而展开礼器、碑文的考古研究。
到了一八四〇年代，英国突然在海上称霸，促成两条革新路线之联合，一是今文学家重新评估古籍，另一个是为官读书人主张经世致用，重视典章法制。魏源（一七九四——一八五七）在这两方面都是代表人物。他于一八二六年编辑了两千多件有关财经与其它行政上实用知识的著作。他曾主张将江南贡米从上海经海路运至北京，以免走费事费时的大运河河路。他曾参与盐务税的改革，写过记述清朝十次战功的史书，并且在广州帮钦差大臣林则徐编写了有关海外诸国的一部报告——对中国的问题有极重要的新观点，不过来得迟了些。总之，魏源把以英国为代表的外在世界带进了清末革命者的视野。
考据学与近代中国学术思想方法之间的连续性，可以在一八九〇年代得到证实，精通古礼器与碑铭研究的学者于此时识出了商代甲骨文的含义。第一章已说过，此乃是近代中国考古学之始。不过这对于晚清抵御西方侵略是帮不上多少忙的。
都市成长——大多数为通商口岸——到了一八九〇年代，给实质环境与让会结构都带来很大改变。各沿海与河岸港市中，西式楼房、街道格式 煤气灯与自来水等城市设备。以及轮船汽艇运输与外贸，都与中国以外的世界有关（或是其延伸）。这些港市里的中外商贸公司、银行业、工业合力制造了一种近代中国经济形态。同时一并出现的还有近代大众传播媒体——中国记者、报纸、杂志，以及不以投身仕宦为目标的知识界。在外国人治理的近代化都市中，中国商人或是替外国公司筹资做买办，或自己经营事业，兴旺发达之后，也开始发表中国人的舆论。
中国基督教徒开始形成一个分散出来的社群之时，传教士也开始发行中文杂志《万国公报》，报导国际情势。这本新闻杂志自一八七五至一八八三年是周刊，一八八九至一九〇七年改为月刊，将世界新闻传播给中国的学者阶级。也由于公报的文章都是中国编辑主笔以文言文写成，才能够被急于理解外在世界问题的中国读书人与官吏接受，因而成为第一个供传教士直接表达意见的传播媒体。一八九〇年代间，最能干的传教士——如韦尔斯来的李提摩太（Timothy Richard）都以打动士人阶级为目标，从而影响到维新运动。
从中国的观点看，日本于一八九五年打败中国并不仅仅是另一个文明强国打了胜仗，而是西方代表的恶势力压倒了中国。西方人是男女公然拉手甚至接吻的野蛮淫乱之辈，现在他们凭着发明了坚利的机器，就倾覆了创造文明与太平生活的天人秩序，可见混乱即将来临。
一八九五年间，几个因素突然会合到一起。第一个是列强的威吓引起了四场战争，并且用海岸上的海军火力让中国四战皆败。外国恶势力这次用的武器更厉害了。除了武器之外，第二件无可否认的事实是外国人有技术，不只有作战技术，而且在生活上一切实用工艺都有技术。轮船和火车用的蒸汽引擎把运输变得快速无比，上海以及其它港口都市也都被外国人建设得有铺过的路面、煤气灯照明、供水系统、警察等等。第三，认为技术工艺乃是勤奋与智能的表现的人，觉得传统中国在某些方面显然有不及西方之处。
以上的这些考虑带来的危机意识与羞惭感，指向一个无可避免的结论：中国必须做重大改革。由于一般百姓不会给政府建言，掌权菁英阶级又太安于惯有的方式而不可能发生知识理念上的领导力，所以只有读书人能解决这个问题。
自鸦片战争以来，改革计划的内容就在不断增加。李鸿章的部属之中不乏参谋意见；外国传教士、太平天国分子、到过国外的官员、香港和上海的早期新闻工作者也都提供过建议。这些人多认为，西方国家与日本多得是可供中国借用的新方法。从最广面的角度着手的话，应建立国会，以使统
治者与黎民百姓之间有更稳固的连系。此外，政府发给专利或奖励，可以促进投资。修筑道路可以便利贸易，开设矿务局可以改进采矿业，设置农业学校可以增加农产量，多翻译书籍可以拓广教育领域——可以改革的项目说也说不完。
然而，改革运动若要获得广泛支持，必须先设法让中国舍固有旧制而取法外人的做法在哲学思想上站住脚。由于中国统治阶层仍以儒家思想为中心信仰，就必须从儒家思想中寻求认可。这件事只有儒家的近世大贤才办得来，唯有这种人才担负得起更新儒家传统思想的大任。康有为的重要贡献就在此。他是广东的读书人，思想早熟而富于想象力，有极端的自信，最擅长于托古改制。
康有为原是今文学派的学者。清朝提倡今文的学者认为古文学派所推重的经书欠缺可靠性，而自宋代以降的理学思想便是以古文派注疏为依归的。今文古文之争的复杂程度，颇类似基督教有关三位一体与得救预定论的教义争论，不可能用三、两句概括的话就交代过去。我们现在只需明白其要点是，今文学派所崇的经籍来自西汉（公元以前），古文学派依据的经籍则是东汉（公元后）的标准本，也是宋儒整埋出来的理学（中国人称之为“宋学”）依据的版本。若是主张崇今文而驳斥古文（事实上今文版本比古文版还老》，就有了摆脱理学说教羁绊的借口，并且可以把各教传统重做一
番讲解。今文学派主张因应时代而改革政令典章，因此一般多赞成维新。
埃尔曼（1990）曾指出，晚清的今文学派运动其实是明末江南士人想消除朝廷专制的东林党运动的延续。一六二〇年代东林党攻击的是宦官，一七九〇年代专制罪恶的代表则是衰老的乾隆皇帝宠信的贪官和坤。十九世纪的今文运动也在当年东林党（常州）的起源地展开，今文学者常以“清议”的方式呼吁朝廷应更注重民间的需求．康有为——有意或无意地——代表了士大夫阶级对于政府改革愈来愈感兴趣的心态。
一八九一年间，康有为出版了《新学伪经考》，指宋儒所奉的古籍大多是伪造的，并不是孔子所言。他的这番骇入之闻写得博学而巧妙，并且很具有说服力（不过当时和现在都不能广为人们所接受）。他还援引今文古籍来证实他的混乱、接近太平的小康、天下太平一统的三种时代之说。清未当时正在走进三者之中的第二个时代，这种时代演进隐含着逐渐进步的道理。康有为的理论大多撷取自以往学者的著作，却有他独到的见解。因此，他能在演化进步的思想传遍全世界的时候，把这些思想走私到中国固有传统理念之中。
康有为和他同为广东籍的学生梁启超，很快就接受了一八九〇年代的社会达尔文主义（Social Darwinism），着书讨论土耳其与印度等顽固保守国家走向没落的命运，以及俄罗斯的彼得大帝与日本明治天皇如何在适者生存的竞争中使自己的国家强盛。简言之，主张急进改革的康梁等人虽然是民族主义者，却仍期望清朝能救中国。他们效法外国传教士，以办报纸传播言论，并且成立读书会以讨论时事。康有为甚而提倡将敬拜孔子组织成国教，但他的宗旨是传统的，即是期望皇帝接纳他的忠言，从朝廷展开中国的全面革新。
一八九八年，他的机会来了。这一年中，列强都要求在中国拥有自己的势力范围，似乎要将中国瓜分了。自一八八九年慈禧太后“归政”以来，理想主义的光绪皇帝名义上可以自己主政了，但太后仍在新建好的颐和园里监视着。到了一八九八年，皇帝二十七岁，一直在读书。一个傀儡皇帝从事这种活动是欠稳妥的，皇帝的老师——也是李鸿章在朝中的对手，便将康有为推荐给皇帝。就在国家危机增剧的这年中，康成了皇帝最信任的人。
自六月十一日至九月二十一日的一百天中，光绪皇帝发布了大约四十条的新政诏谕，涵盖了行政、教育、法律、经济、工技、军事、警察制度等方面。许多条目都是过去几十年间提议拟写的，到此时才由皇帝颁布。很不幸的是，这一百天并不像罗斯福总统一九三三年上任的头一百天那样完成了新政（New Deal）立法，一八九八年的维新始终停在白纸黑字阶段，大臣们都在静观太后如何反应。慈禧太后则是等到几乎每位大臣都觉得新政将使自己地位不保了，才着手安排军事改变。康梁二人逃到了日本，慈禧太后却将光绪皇帝监禁在瀛台，并且把捕到的“戊戌六君子”处死。
许多人只看了康梁为自己辩说的文章，从黑白分明的绝对观点来评定百日维新之失败，认为康梁等人与光绪皇帝乃是被邪恶反动者击败的英雄。台北故宫博物院档案馆开放，以及北京一号史料馆的资料，使路克·邝（Luke S。K。Kwong，1984）这样的历史修正论者可以重新解释一八九八年事变
的原委，也让班哲明·埃尔曼这样的专家对自己的质疑发出疑问。一八九八年的北京政局需要有人来重作更完整的评估。
总之，最顽固守旧的一帮满洲亲王因为只生活在宫廷王府，对外面的世界一无所知，只知妄自尊大，不久就成为农民秘密结社“义和团”的赞助支持者。清室朝廷这种转而支持狂热宗教团体的行为，显然已经是知识破产了。
义和团之乱，一八九八——一九〇一
山东西北的黄河冲积平原是人口相当稠密的地区，由于生活太贫苦，农村里几乎已不见地主士大夫阶级。土匪定期霸占农村，导致农村彼此不和。在上的朝廷和士大夫阶级已经无力管制。一八九〇年代间，过度积极的德国天主教传教士竭力吸收教徒，其手段之一是帮教民打官司，使非教民败诉。一八九八年德国在山东占据势力范围，其傲慢态度更激起强烈的反基督教情绪。其实早在传教士往内地扩展，欧洲列强和日本又一再羞辱中国朝廷之时，反教情绪已经在滋长了。反教事端非花费赔款不得解决，以至于清政府下令府县官吏应避免和传教士及中国教民对立。如此一来，山东农民只得利用秘密结社来保护自己的利益。山东西南的大刀会便是这种自保组织之一 。一八九八年，黄河溃决之后又接着长期旱灾，百姓陷入绝境。华北的变乱局势一触即发。
约瑟·艾士里克（Joseph Esherick，1987）就义和团起源作的精辟研究指出，山东西北部民间原有练武术（即戏剧、说书，以至现代功夫电影所呈现者）与神仙附体的巫教仪式（本书第一章已提过商朝君主自任巫者之首的仪式）。义和拳——后来更名义和团——便是将这两种民间传统习俗结合为一体。其团员在举行过膜拜仪式后进入恍惚状态，口吐白沫。神仙附体之后，便可以刀枪不入。任何人都可以求得神仙附体，并且在有神力在身的时候成为领导人。整个义和团内无需划分阶级的组织。其行动目的即是其口号所说的“扶清灭洋”。在恰合时代需要的顺境中兴起以后，义和团便以野火之势传遍华北。满清的亲王大臣们觉得义和团表达了百姓的心声——亦即是中国政治的最终裁决力量，甚至慈禧太后也曾做如是想。大臣们多建议与义和团合作，勿与其反向而行，藉此消灭帝国主义列强。
以后