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这个巧妙的安排和相互监视保安的「保甲」制一样，都有重大缺点。这是饱学的行政官设计出来教导百姓如何履行多种义务的蓝图；却详尽得没有改动的余地。到了必须适应地质实况和乡村生活的人际关系时，弊端开始出现。不用多久，就腐化得千疮百孔了。这个不可收拾的综合症候群还包括税收、军备给养、通货供给等，都或早或迟变得失效无用。在这一切问题之下的，是死守着太祖定下的旧制不改。以至于明朝行政后来无法配合中国需求转变的脚步。
以税收为例，为了省却将各地收得的税赋送进京师的麻烦，安排好各缴纳地区直接把税收送到指定支销该笔税收的机关。其结果是，各路自行——或依法——进出的税收在全国交叉往来乱成一团。这套不能便通的既定办法却不受任何监督，因为没有一位从头到尾负责的官员。黄仁宇说过，明朝财政系统的主要顾虑「始终在求统治上的安定」。因为每个财税机关都从无数个不同的来源收税，地方官全都没有能力独立，也无力改善行政质量。因此也无人建立起有造反财力的根据地。「国家税收作业太分散，以致根本不可能被人操纵」。
如此散乱的税收花销制度，使中央政府起不了作用。大批衙役、书吏、小办事员几乎一年到头都在忙着收各季到期应缴的田赋。田赋的总额不至于对经济构成过重的负担，真正的累赘在于收取的效率太低，税收机关冗员太多。换句话说，有上百万的中间人是靠着投入这个税收系统的繁琐过程维生的。
又如大运河的养护并没有预算经费可拨，完全由地方徭役负责，中央政府不给分毫。到了十五世纪中叶，国内有一万一千七百七十五艘运谷船，由十二万一千五百名官吏军役负责调度。由于这些运输兵难得有酬劳可领，就只好在谷船上私带货物牟利。总之，国库每一笔收入都在实收之前就预定好应收之数。甚至田赋尚未入库，应领该额的部门就被扣上已支销的帽子，毫无便通的余地。一旦发生水灾之类的事故，就必须以处理危机的方式另募专款。
此外，明代夸赞军人屯田自给的卫所制度的记录并不可信。按黄仁宇说，军人距离自给自足还远得很。明代记录所述的是理想，不是事实。军官根本没作记录，明朝史官则只顾要面子好看。整个的军人屯田制度只是一套未经筹备、调查、实验就拟出来的计划书。既未设置主控机关，管理也不严密。被迫进入军役的民户经常弃逃，兵士们没有固定的饷可领，只是偶尔拿到不定期的奖赏。这种制度不过是把军人再变回农人。军人的权势结构不振，是因为军方的饷给被削减了。军人们因此把自己的田出售或抵押，军中无饷可发的情形日甚一日，人数也因为逃兵而减少。边区需要补充兵额的地方，卫所数目降到了原有的十分之一。但是由于军人自给的这种不切实际的传奇一直存在，就不能废除或调整筹资的旧法。
再看通货制度，赶不上贸易成长的速度，也是失败的。起初，中央政府靠发行纸钞支持财政。明太祖却不明白，无限量发行纸钞会导致通货膨涨，只管拿纸钞当赏赐。到了一四二五年，纸钞只有其原值的四十至七十分之一。后来纸钞终于废而不用了。其间，政府一直禁止银两的使用。
中国的铜币是浇铸的而不是冲压的，所以每一枚都需要以手工修边。明代铜币需求量虽然比宋代大得多，铸造量却远远少于宋代。政府的铸币机构经常是完全不发新币，只好由民间的伪造者来代劳了。后来铸币的职权转给了各省，但是省级铸币掺铅又造成币值降低，铜币供给量始终不符需要。中央政府对发币处理不善，导致伪币充斥，币值从原来的一千钱兑一两银子，降到了六千钱兑一两银子。总之，正当贸易成长扩大通货需求之时，明朝政府却拿不出恰当的币制配合，是大大失策。
十六世纪时，对外贸易成长导致银的输入，虽然时有间断，但输入量很大，主要来自日本和（经多条不同路径转来的）美洲大陆。因此，中国原来的商品经济变得货币化了，纳谷与徭役在后来改行的「一条鞭法」之下渐渐合并，全部改为纳银。地方居民按里甲制必须负担的丁粮，渐渐并入田赋折算。需服差役的时候，财力负担得起的人不必去做修路之类的公共工程，可以出钱雇人代做。
不幸的是，从日本和美洲流入的白银并未带给中国白银通货。铜钱和银子一并通用，形成类似复本位的制度。人们日常交易都用铜钱，即便政府不能不贬它的值。拿白银来铸币以维持通货稳定是不可能的，因为明朝政府从未有过铸银币的打算。用一块块银子缴税并不是计划决定的，而是因为其它通货都不管用了，逼不得已才用银子。纯银块的流通非常不便，因为各地用的「两」，单位大小不同，甚至各行业各官署衙门也有不同。有时候，一个城市同时通行着二十种不同的银两，主要商品——如盐或棉布——各用各的银两，买卖外地的货物又要用别种银两。流通中的每锭银子还要秤，要验纯度。这些条件造成银两单位杂乱，兑换方式繁多，操作钱的人可以从中取利，而且可以支配想投资做计划生产事业的人。
财政体制结构似乎一直跟着明太祖力求节俭的意念走，因为他坚信营利本身就是邪恶的。经商的利益根本上就与社会国家的利益相冲突，因此必须竭尽可能予以遏止。同时，国家不可求「自富」，因为，依这个天真的观点看来，政府有所获利自然就意味着百姓有所损失。所以政府发展不出可能有的经济力，反而以政治上的控制力为治国的基础。结果明朝便始终不肯建设起运作财政必需的最低限度的财政力量，甚至连投资做公共运输设施都不肯。在如此一穷二白的情况下，不免就时常要征用百姓来服差役。
黄仁宇指出，大体上看，明代中国若有某一地区显示可能因企业或外贸而成长的趋势，政府不但不觉得应该给予支持，反而反对这种成长，因为它造成的不均衡「终久将危及全国的政治协调」。倒不如把所有的省分都压低在较落后地区的水平。
黄仁宇认为，宋元两代都比明朝老于世故，行政质量也都高于明朝。「唐、宋、元皆未实施过明朝这么僵化的财政结构」，也不像明朝给最高层政府官员这么少的业务责任。「明朝制度代表中国财政史上一个重大的突变。从此以后，政府财务的主要目的是要维持政治现状，不再表现出任何动态性质。」明朝面对航海世界的退缩，正是此一卓见所述情形的写照。
中国闭关自守
南宋和元代都眼见了中国在造船、航海科技，对日本及南亚、东南亚海陆贸易各方面向前大步跨进。到了一四○○年间，和中国有海上贸易的国家地区已经为人们所知有百年以上的时间，中国商人输出的货物有丝绸、瓷器、铜币等。明成祖五度北上远征蒙古的同时，命令大太监郑和循海上贸易的航路南下出使。郑和本姓马，是回教徒，父亲曾至麦加朝圣。他带领一批有能耐的太监，为执行皇帝派下的特殊任务而远征南洋。
郑和自一四○五年至一六三三年间的七次航程都不是等闲之事（见地图18）。南京附近的造船厂，仅是在一四○三到一四一九年间就造了两千艘船舰。其中包括近一百艘大型的「宝船」，船长在一千一百至一千二百多公尺之间，横宽在四百五十到将近五百公尺之间。据密尔斯（J．V．G．Mills，1970）估计，每艘宝船的排水量必在三千吨左右。这种有四至九根高达二百七十公尺桅杆的船，有十多个不透水的舱格，有艉柱舵，舱房可能多达五十个，可载四百五十至五百人。一四○五年至一四○七年的首航舰队大约共有三百一十七艘船，其中六十二艘是宝船（一五八八年的西班牙无敌舰队〔Armada〕不过是一三二艘船）。郑和率领从属太监七十人，医疗人员一百八十人，占星官五人，军官三百人，兵丁两万六千八百人。前三次出使航至印度，途中港市都曾停靠。第四次越过印度远抵荷姆兹（Hormuz）。后三次都到了非洲东岸各港，最远到达马林地（Malindi，在今肯亚东南附近）。而宋朝的瓷器和铜币早在郑和之前已经来到此地。远征船队的分遣部队还有额外的航程，有一支曾到达麦加。郑和的一项主要任务是带着进贡的使节回中国，事后并且送这些外使返回其本国。虽然也有一些贸易活动，但主要还是进行与大约三十个国家的外交往来关系。郑和出使虽未摆出武力侵略架势，但亦曾数度用兵。
有三点是值得注意的。第一，这几次奉命出使与达加马（Vasco da Gama）或哥伦布的探险之旅的性质不同，航行的路线是阿拉伯人和中国人在非洲以东海上贸易的既定航线。第二，中国的远征为的是外交不是商业，当然更不是为了海上劫掠或殖民。郑和与各国互赠礼物，招徕进贡国，携回地理信息和科学上的新奇事物，如长颈鹿就被当作祥瑞之兽展览。第三点也是最值得注意的一点，一四三三年停止这种出洋远征之后就再没有后续了。而且兵部侍郎更于一四七九年将七次出使的记录数据销毁，中国的海外商业行动受到严格禁止，直到一五六七年才开放。航海时代在全球各地初现曙光的时候，明代中国本来已经遥遥领先他国，却不肯继续向前。欧洲人再花了将近五十年时间才摸索到起点上。一四三三年以后，再过了三十七年，葡萄牙人才到达西非海南端的黄金海岸。而哥伦布率领总吃水量四五○吨的三桅船队伍出航，则是在一四九二年。
爱德华·德雷耶（Edward Dreyer）详述过中国这些伟大的航海行为如何受阻于儒生出身的大臣们，这些读书人理论上就反对贸易与对外接触。黄仁宇亦指出，明朝财政窘迫，无力担负这样耗费不赀的海上外交。例如，明朝于一四○七年正式将安南划入版图，后来却因为安南作乱反明，朝廷苦厌兵事，不得不于一四三一年承认其为独立的藩属国。此外，明成祖为抵制科举出身的文官把持朝廷，在军事和安全方面任用太监，也引起京师官吏的妒忌。
到了十五世纪中叶，京师又面临蒙古势力再起与边境的骚扰。一四四九年间，一名专进谗言的大太监说动天子御驾亲征，结果被蒙古军俘虏。蒙古人要以明帝为条件进行交易谈判之时，明朝却迅速立了新帝。此后明朝便在蒙古人的威胁下渐渐束手无策。据阿瑟·华德伦（1990）研究，朝臣们曾有无休止的政策讨论，一面恐惧对蒙古人出兵，一面却又不肯允许蒙古人与中国贸易以减少其南下侵扰。一四七四年以后，以至十六世纪期间，明朝进行的长城修筑，留下了吾人现今所见的有几百个岗哨卡的万里长城（见地图17）。就军事用意而言，这是徒劳无功的，但是却表达了中国长期受外患折磨的心态。
造船只限于小型船舰以后，明朝海上势力渐衰，替中国南海上的海盗打开了壮大之门。这些海盗名为「倭寇」——日本人，实际上大多是中国人。明朝非但不以武力反攻，反而强制执行了使自己蒙受重大损失的海岸闭关，目的要使海盗因补给枯竭而退，结果仍是徒劳一场。这套国防政策还包括限制外贸，规定所有外来商贸都要装成进贡的模样。据撤拉辛·维拉蒲（Sarasin Viraphol，1977）所述，中泰商人运售的暹罗稻米必须做出与进贡使团相关的样子输入。进贡制在明朝达到高峰，但是这种自卫形态意味着的不是势强而是衰弱。
总之，反商主义与恐外症（xenophobia）占了上风，中国自此退出了世界舞台。武人势衰了，大局由文官主控。逢到昏君当朝的时候，替皇帝查案、问刑的太监势力就会构成太监独裁，以恐怖手段压制文官。明代中国手握海上扩张的优势条件，却被保守的理学儒士掐死，简直就像是故意错过近代科技与经济发展的这班船。
这个贬抑的评价来自二十世纪末，正当科技与经济成长在全世界的各个生活层面都造成无数混乱，却还找不出可以将人类文明毁灭延缓的秩序原则之际。明朝独立而自足式的经济成长，以及其相对的平静安乐，也许终将受到历史学者的推崇，在我们看来是失败之处，或许别人看来是某种成功。
朋党政治
政治家兼哲学家的王阳明（一四七二～一五二九），在士人的思想领域中博得了许多追随者，启发读书人走向理学的一个新趋势。王阳明是大学者也是文韬武略兼备的大臣，曾平定宁王之乱，致力于利用乡约建设地方小区