这个计划，并且以其中未完成的文稿汇编了另外两本著作：《偶像的黄昏》与《反基督》（两本书都在1888年完成）。
1888年，健康状况稍有好转的尼采，在这年的夏季他都保持着旺盛的写作精力。当年秋季的著作和书信中显示他已经开始对自己的地位和“命运”抱持更高的期望，他开始高估社会上对于他的著作的名声和肯定，尤其是在当时引起相当争议的《瓦格纳事件》一书。在完成《偶像的黄昏》与《反基督》两本书后，尼采在他44岁生日时决定替自己写下一本自传《瞧！这个人》，尼采在这本自传中希望读者认识到自己独特的一面：“听我说啊！我是这样独特而又这样杰出的一个人。不要把我与任何其他人混淆。”在12月，尼采开始与剧作家奥古斯特·史特林堡（August Strindberg）通信，由于觉得自己的作品在国际上缺乏重视，尼采向一些之前的出版商买回自己作品的版权，企图将它们翻至其他的欧洲语言在国外出版。除此之外他还开始撰写《尼采反对瓦格纳》一书。
发疯和去世（1889—1900）
1889年1月3日，尼采开始显露出一些精神状况不稳的征兆。有一天在意大利都灵街上引起公众骚动后，尼采被意大利警方带回。当天究竟发生了什么事情至今已无从得知，经常流传的一种说法是尼采在卡罗·阿尔伯托广场看见一匹马被马夫鞭打，突然上前抱住马的脖子痛哭道：“我受苦受难的兄弟啊！”接着便瘫倒在地上（巧合的是，陀思妥耶夫斯基在《罪与罚》中有一幕便是主角拉斯柯尔尼科夫看见马匹遭到鞭打的场景。尼采还曾称赞陀思妥耶夫斯基为“唯一一个让我受益良多的心理学家”）。
在接下来的几天里，尼采寄出了几封短信给他的几位朋友。在给布克哈特的信中尼采写道：“我已经被该亚法（新约圣经中陷害耶稣基督的祭司）套上脚镣了。去年我还被那些德国医师长期折磨。威廉皇帝、俾斯麦，还有那些反犹太主义者都被废止吧！”。
1889年1月6日，布克哈特把尼采的信拿给奥韦尔贝克阅读，隔天奥韦尔贝克也从尼采那接获了一封类似的信，他们决定必须想办法把尼采带回巴塞尔。很快，奥韦尔贝克赶赴都灵将尼采护送回巴塞尔的一间精神病诊所，在那时尼采显然已经完全发疯了。
在尼采的精神出现问题后，奥韦尔贝克和彼得·加斯特讨论了如何处理尼采未完成的著作。尼采的《偶像的黄昏》于1889年1月依照原定计划出版，他们在2月下单印刷50份《尼采反对瓦格纳》的拷贝，但出版商秘密的印刷了100本。奥韦尔贝克和加斯特决定暂停《反基督》以及《瞧！这个人》的出版，因为这两本书包含更为激进的道德理论。这时尼采的名声开始了第一波的复苏。
1897年，尼采的母亲去世，尼采搬到了魏玛，由伊丽莎白负责照顾他，伊丽莎白也允许一些包括鲁道夫·斯坦纳在内的访客前来探望已经无法与人正常沟通的尼采。
1900年8月25日，尼采死于肺炎，伊丽莎白将他与父亲的坟墓并列安葬。他的朋友加斯特在葬礼上致哀悼词道：“愿你神圣之名受所有后代彰显。”
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