小⑷蕖⒅仪宓鹊赖难匕兜厍�
对此朝鲜大惊失色，但是朝鲜封建统治集团由于朋党之争，对侵略者无力组织抵抗。数量不多的政府军接连失利。日本人击溃了朝鲜的一支8000人的部队的抗击，夺取了全宁山口。此时小西行长和加藤清正已经会师，以大军团开始强攻忠州，日军娴熟的攻城技巧令朝军防不胜防，第二天就被攻破了城池，忠州一失，汉城（京城）实际上已经没有防御力了。日军迅速逼近汉城（京城）。朝鲜有些地方官吏弃地而逃，国王李昖惊慌失措，仓皇放弃首都，先奔平壤，继而逃往鸭绿江边的义州。7月初，日本人兵不血刃占领王京（汉城），此时距日军登陆仅仅过了二十天。
同日本陆军的接连胜利相反，日本水军却是连连受挫，因为他们所面对的是全罗道的水军节度使李舜臣。此人弓马娴熟，精通兵法，尤其水战方面更是不世出的天才。4月20日，他就调动全道的水军赶往庆尚道去重新编组被击溃了的庆尚水军。根据敌强我弱的形势出海做游击战，以便寻找有利时机。5月7日，在玉埔海面突然袭击了停泊在这的日军50艘舰艇，共击沉了26艘，其后在追击到永登浦时又破坏了5艘。紧接着李舜臣第二天在赤珍浦偷袭了日军的补给船队，又击沉13艘。而朝鲜水军方面却仅仅一人轻伤而已，这种战果令戎马一生的秀吉也无话可说。朝鲜水军的巨大胜利，打乱了日本侵略者水陆并进的作战计划，陆军的补给开始出现危机。
日本入侵前，朝鲜水军共有4支独立舰队，其中有两支在战争刚一开始就损失了。只有李舜臣统辖的有85艘战舰的舰队，在陆军的支援下抗击日本舰队，李舜臣长于战略，吸取朝鲜水军的传统经验，在旧有战舰的基础上，发明了“龟船”战舰。龟船外包铁板，不易被重炮击伤；周身插满锥刀，使敌人不敢攀登上船。仓内备置火炮，可以随时射击，喷出火焰。龟船形制轻巧，行动敏捷，可以出入敌舰阵内，在打击日军的海战中，发挥了很大的作用。
5月29日，李舜臣的舰队开到泅川附近的露梁海面，遇到了龟井兹矩率领的12艘日舰。龟井因为惧怕李舜臣的威名，弃船登山，在陆地上摆开半月长蛇阵。适逢退潮，对朝鲜水军不利。于是朝鲜水军假装撤退，等到日军前来追讨之际，突然全舰队反转，以龟船强大的火力一举歼灭大部分敌军。之后舰队继续向东前进，于6月2日在唐浦港追上了正在劫掠发泄的龟井兹矩。李舜臣借龟船的高机动力先行击沉龟井的指挥舰，然后向敌人两翼包抄，从四面攻击已经失去指挥的日水军。是役龟井战死，21艘楼船被灭。随后6月5日和6月7日又连破日军的补给舰队。至此秀吉的主力舰队·；黑岛舰队被催毁，制海权完全掌握在了朝鲜手中。
而此时的日本陆军在占领汉城以后兵分两路，继续向西北和东北进攻，小西行长过开城向平安道进发，加藤清正攻打咸镜道。在临津江一带遇到朝鲜军队的坚固防御而受阻。日军使出军事计谋，佯装撤退，将朝鲜军诱出工事，接着进行反冲击将其击败。日军占领了开城和平壤。到此距日军釜山登陆不到两个月，就已经控制了除平壤以北，全罗道沿海外的全部朝鲜半岛。朝鲜国土大部分沦丧。
日军所到之处，焚烧劫掠，仅晋州一地，军民被屠杀者6万人。朝鲜人民在非占领区普遍组织了人民义勇军……“义兵”（“正义之师”），开展了游击战争；突袭敌人的要塞和兵营，特别是在夜间，隐蔽潜入敌宿营地进行骚扰；进行防御战斗；烧毁粮秣仓库和破坏敌人的交通线。在围攻要塞和城市时，朝鲜人组织了特别突击队，并使用了“飞击震天雷”，以杀伤敌有生力量。为援助被日本围困在要塞里的守卫部队，朝鲜人经常对敌人的后方进行出其不意的引诱性突击，阻击敌军。
朝鲜国王李昖在爱国朝臣和军民抗倭热潮的推动下，遣使向明朝告急，要求出兵援助。明朝廷认为“倭寇之图朝鲜，意实在中国，而我兵之救朝鲜实所以保中国”。如若再纵容日本侵吞朝鲜，那后果不堪设想。故决定援朝抗倭。同年（1592年）七月，明朝派先锋戴朝弃、史儒率兵20000出征，副总兵祖承训、游击王守官带大部队继后进入朝鲜。
为了及时补给陆军给养，九鬼嘉隆又派出了三路舰队侵朝，同李舜臣舰队在闲山岛前展开决战。闲山岛水深，利于朝军，一开始朝军就利用小规模攻势诱使日军进入包围圈中，待日军全部进入后，隐藏在闲山岛北的朝军主力立刻摆开了鹤翼阵，同时从正面和侧面击溃了日军。击破了59艘敌舰、数千日军，史称闲山岛大捷。这是被写入马汉《海权论》里的著名战例。之后李舜臣又在安骨浦完全消灭敌残余部队。
受此役鼓舞，7月17日拂晓，中日两国军队终于开始发生冲突。祖承训认为日军“蛮夷野人，安能于天朝大军抗衡哉？”，轻率地调动全部兵力进攻平壤。当时连续降雨，道路泥泞，以骑兵为主的明兵很难施展威力。当冲入好象是空城的平壤时，立刻遭到了小西行长部的伏击。日军的火铳队发挥了极大的威力，戴朝弃、史儒当场身亡，其余兵将更是死伤惨重。祖承训一天之内退到大定江，然后撤回国内。平壤攻防战使本来对明朝尚有一定戒心的秀吉再无提防之意，立即派岛津义弘增兵朝鲜，企图从陆地支援小西、加藤、黑田部。
出乎秀吉意料，因为以加藤清正为首的日军在朝鲜烧杀掳掠，无恶不作，使得朝鲜人恨极日军，各地义军蜂拥而起，甚至连和尚都组成僧兵（不是日本那种职业僧兵）来抵抗日军，逐渐代替官兵形成抗日的主力。直接导致的结果就是使日军陆地的补给线也不稳定，而且还要分掉不少兵力来镇压骚乱，于是秀吉不得不打消了立刻进军义州的计划。日军小行西长为麻痹明军，佯装和谈，狂妄地提出以大同江为界，将平壤以西归还朝鲜，意欲吞并平壤以南的大片领土。这种损害朝鲜人民利益的和议，遭到明朝的拒绝。
万历二十年十二月，明朝政府以宋应昌为经略、李如松为东征都督，增派4万兵力渡过鸭绿江，大举援助朝鲜。1593年1月3日明军进驻肃川，会合朝鲜士兵，开始了第二次平壤攻防战。
经过周密部署，万历二十一年（1593年）1月7日明军进军平壤，与日军的精锐部队3万人遭遇。李如松竖起一面大白旗，上书“自投旗下者免死”。次日总攻开始，李如松亲率敢死队冲锋陷阵，同时以火攻对抗。小西行长则zhan有地利，退缩在练光亭的土窟中用火枪不断射击，战斗非常激烈，劲弩齐发，火焰蔽空，中朝将士奋勇当先。神机营参将骆尚志冒险登城，腹部被滚石打伤，仍然屹立不动。60多岁的游击将领吴惟忠，胸部中弹洞穿，犹奋呼督战不已。李如柏的头盔中弹，李如松的坐骑被炮击毙，都置之不顾，愈战愈勇。激战到近中午，日军纷纷逃窜，中朝军队凯旋入城。此战共消灭敌人1万余人，俘虏无数，逃散日军不及总数的十分之一，从根本上扭转了朝鲜的战局。朝鲜史书称：“正月初八日壬戍进攻平壤，不崇朝而城破，除焚溺斩杀之外，余贼丧魄，逃遁。其军威之盛，战胜之速，委前史所未有。”二月，朝鲜军民也在幸州守城战中击退日军，取得辉煌胜利。朝鲜爱国官兵在明军的协同支援下，一举收复西京、开城、汉城，日军退据釜山，朝鲜国土几乎全部光复。
2月19日，明军进驻开城。加藤清正此时已经将其屠掠一空，焚城南逃。2月27日，李如松领两千人在汉城附近的碧蹄馆同日军发生遭遇战，幸亏大将杨元赶来救援，才退回开城。当时京城日军有4万多人，是日军的精锐部队，绝对数就比朝中联军要多。李如松决定先确保开城一线，一边等国内新增援兵，一边整顿朝中联军。
丰臣秀吉得知己军受挫，粮饷不足，疾病流行，便假意与中国议和，以诱使明朝撤兵，虽然朝鲜国王极力要求复仇，但明朝内部以兵部尚书石星为首的主和派占了上风，遂与日本和谈罢兵。和谈从万历二十一年三月起，拖延了近四年。3月22日，明使沈唯敬前往龙山同宇喜多秀家谈判，议定日军4月19日退出京城，明军随即进驻。5月2日，侵朝的日军大部分退到了釜山一带。秀吉不甘心就此失败，遂一方面在庆尚、全罗道修了18座城堡，一方面运用外交手腕，派小西如安前往北京递交日本的和谈条件。鉴于日军可能不会再有大的军事活动，明军大半在1593年八月回到国内，只留下一万人驻守朝鲜。李舜臣被朝廷任命为三道水军节度使，掌管了朝鲜全部水军，整饬军队，建造战船。而秀吉也不断地利用谈判时间补充兵力，运送武器给养，以备再战。
谈判一直持续到了1596年9月，日本提出的无理要求，被朝鲜和中国方面拒绝，和议最后破裂。秀吉认为日军已经有能力再战了，但首先他要设法除掉李舜臣。1597年1月，小西行长用秀吉的计策，利用朝鲜的党派之争，派人在汉城散布谣言，陷害李舜臣，结果李舜臣被捕入狱，被押送到京城。得知反间计成功后，秀吉立刻于2月21日再度调动14万陆军和数万水军侵朝。从动员到集结就绪共花费5个月时间，在7月准备完毕。
万历二十五年（1597年）夏，丰臣秀吉又派军从水陆两路进犯，7月7日，九鬼嘉隆要一雪前耻，一举重创元均为首的朝鲜水军，又配合陆军水陆夹击漆川岛的朝鲜水军，朝军几乎全军覆没，日军控制了制海权。8月1日，1万4千日军三路进攻全罗道，正好赶上明军进驻全罗、忠清。大将杨元率3000人守卫南原，但寡不敌众，两千七百余人战死，杨元负伤。
8月19日，明军除守卫稷山外全线退至汉城，日军占领了全罗道全部地区。李舜臣重新被任命为三道水军节度使，但此时他手中只有12艘船和120名士兵而已。于是李舜臣整顿了残余部队，在碧波亭水域悄悄准备恢复实力。9月7日黑田长政10，000人分攻稷城和舒川，被明将解生打败。这时明将邢玠和麻贵统兵四万和朝鲜权粟元帅会师，组成中朝联军，大举南进。秀吉情知不妙，加上李舜臣又在鸣梁海峡以少胜多，大败日水军，所以日军连忙后撤，令加藤清正守蔚山、小西行长守顺天、岛津义弘守泅川，形成沿海要点的守备态势。自此，李舜臣保住了全罗、忠靖两道，争得时间重整水军。
这时，明朝因日本毁约大为震怒，也认识到日本的危险性，调动了川、陕、浙、蓟、辽的陆军和福建、吴凇的水军共14万，再度增援朝鲜。联军经过侦察，决定先进攻只有两万人的蔚山。12月23日午夜，明军三路直捣蔚山，李如松交战后佯退，会同友军消灭了五百余日军。正在监督西生浦的加藤清正连忙返回蔚山，亲自守城。明军连续四天猛烈强攻，仍旧没有攻下城池，期间加藤清正也难以支撑，就送信给明军乞求讲和，被拒绝。双方僵持之时，西生浦1万3千多日军赶来增援。1598年2月9日，明军屡攻不下，被迫撤退。
蔚山战役后，双方都调整了战略。秀吉眼见反攻无望，只得继续确保防线，在朝鲜南部站稳之后再蚕食朝鲜。而明军虽经蔚山惨败，但主力未损，而且国内又派陈遴和邓子龙的水军前来助阵。朝鲜水军也得到了加强（已有5000余人）。统帅邢玠当机立断，逮捕内奸沈惟敬，大会诸将，分兵三路，同时进攻三座要塞：蔚山、泅川、粟林。而明水军和李舜臣的联合舰队合力应战，控制了南朝鲜海的控制权，切断了日军的退路。迫使日军退守朝鲜半岛的南端岛山。
这时日军盘踞朝鲜半岛已有7年之久，在沿海分布三处，战线长达千余里，士兵疲于奔命，供应不足，屡败厌战，士气低落。日军与明军交战往往“举阵惊骇奔散”，投降者愈来愈众。是时，日本国内普遍怨恨丰臣秀吉，8月18日，征战一生的丰臣秀吉因为朝鲜战争的失利，羞愤积郁，终于在伏见城死去。临死前遗命退兵。这对朝鲜的日军无疑是雪上加霜。小西行长进退不能，再次提出和谈，并再度遭拒，只能坚守城堡，等待援军。
到了十一月，日军的承受能力已经达到极限，小西行长再次准备厚礼送至李舜臣营中，希望和谈，还是遭到拒绝。绝望的小西行长向岛津义弘求救，岛津于是集结近5百艘船，企图冲破联军防线，打通回国的通路。此时，加藤清正率军先逃，日军纷纷撤退。中、朝军队英勇追击，断其归路。在东南海岸露梁海战中，李舜臣统率的水军在露梁津湾截住了五百多艘企图从朝鲜运走残余部队的